Około roku 1610 El Greco namalował obraz Laokoona. Przedstawia bohaterów mitu o wojnie trojańskiej, zgodnie z którym ksiądz Laocoon próbował ostrzec Trojan przed nadmierną łatwowiernością wroga, a nie przeciągać drewnianego konia do twierdzy. W tym celu bogowie byli rozgniewani i ukarani przez czujnego kapłana: węże udusiły Laokoona razem z ich synami. Przerażeni obywatele pospieszyli wciągnąć konia do Troi.
W 1506 r. W Rzymie odkryto rzeźbę “Laokoona i jego synów”, wykonaną przez rzeźbiarzy z Rodos. Inspirowała wielu artystów i rzeźbiarzy tamtych czasów. Wśród nich był El Greco. Jednak twórczo na nowo przemyślał słynny mit, stosując go do współczesnych czasów, a także wszystkich dzieł znanego dotąd El Greco, Laocoon jest jedynym na mitologicznym spisku. W późnym okresie twórczości mistrz rzadko stosował poziome kompozycje, raczej wąskie i wysokie formaty obrazów. Jednak w “Laocoon” istnieje chęć do wysokiej, ze względu na wydłużone postacie na krawędziach obrazu.
Na tle fortecy Toledo, która pojawia się w postaci legendarnej Troi, przedstawiono duże, nagie postacie ludzkie. Kapłan i jeden z jego synów już upadli na kamienie. Młody człowiek leżał bezwładnie na ziemi, przegrywając bitwę z rufą. Starszy, ale silny ojciec, wytężający całą swoją siłę, ostro walczący z wężem. Jednak bitwa jest prawie stracona i śmierci nie da się uniknąć, można tylko nieznacznie opóźnić. Drugi młodzieniec jest jeszcze na nogach, ale jego śmierć jest już z góry ustalona – wąż ugryza go w bok. Z bezradną rozpaczą patrzy w niebo, ale nie ma zbawienia, niebo jest głuche na prośby nieszczęśliwych.
Po prawej są osoby, które były świadkami tragedii. Przez długi czas widzowie widzieli tylko dwie liczby. Podczas renowacji, przeprowadzonej w latach 1955-1956, odkryto trzecią, która jest prawie całkowicie ukryta przez stojące postacie. Jakby z nieistnienia przed zdumionymi restauratorami pojawiła się ukryta wcześniej osobowość – trzecia głowa znajdowała się pod warstwą farby między dwiema głowami, a następnie znajdowała się piąta noga. Z jakiego powodu ta postać została zamalowana, wciąż nie jest znana. Być może sam El Greco zamienił trójcę w duet, a może następne pokolenie go ukryło. Uważa się, że obraz nigdy nie został ukończony, czemu uniemożliwiała śmierć artysty.
Tradycyjnie zakłada się, że para po prawej stronie to liczby żeńskie i męskie, jednak nie ma przekonujących argumentów na rzecz takiego punktu widzenia. Być może pierwotnie byli pomyślani jako jakieś aseksualne duchowe istoty. W różnych czasach były one uważane za obrazy Adama i Ewy, Paryża i Heleny, Posejdona i Kasandry, Apolla i Artemidy.
W przerwie pomiędzy grupą na pierwszym planie a murami fortecy widać żywego konia wolno galopującego w kierunku miasta. Dlaczego na zdjęciu El Greco drewniany koń był żywy i mógł bez problemu dostać się do miasta, gdzie są tłumy tryumfujących Trojan? Taka była interpretacja wielkiego mistrza. Dla niego zła skała jest zawsze żywa.