Za króla Ferdynanda z Aragonii wzrastał wpływ inkwizycji. W kwietniu 1484 r. W Tarasona z Kortezów Królestwa Aragonii, w tajnej Radzie, składającej się z osób wezwanych przez króla, stanowisko głównego inkwizytora królestwa Kastylii otrzymało Thomas Torquemade. Thomas Torquemada mianował brata Gaspara Huglara, dominikańskiego mnicha i dr. Pedro Arbues d’Epil, kanonika metropolitalnego kościoła, jako inkwizytorów diecezji Saragossy.
Dekret królewski nakazał władzom prowincji, aby im pomagały, a nowi inkwizytorzy w maju i czerwcu przeprowadzili kilka publicznych i uroczystych auto-da – fe i przekazali świeckiemu sądowi niefortunnych oskarżonych, którzy zostali spaleni. Te egzekucje coraz bardziej irytowały nowych chrześcijan królestwa Aragońskiego, którzy wkrótce spodziewali się wznowienia scen wśród nich, które odbyły się w Kastylii, gdzie trybunał ustanowiony zaledwie trzy lata temu, zrujnowany przez fanatycznych mnichów i księży, tysiące ofiar.
Aragończycy zauważyli, że wszystkie wysiłki, by zapobiec ustanowieniu Inkwizycji, były daremne i postanowili poświęcić jednego lub dwóch inkwizytorów, aby zastraszyć innych. Byli przekonani, że po tym wydarzeniu nie będzie już żadnych wątpliwości co do popularnego nastroju, że nikt nie odważy się zostać inkwizytorem, a sam król zrezygnuje z pierwotnej intencji ze strachu przed zbuntowanymi ruchami, które mogą wybuchnąć w Kastylii i Aragonii. „Kiedy spisek został zaakceptowany przez spiskowców, zaczęli szukać zabójców, aby pozbyć się dr. Pedro Arbues d’Epyla, głównego inkwizytora Saragossy, którego próby nie były udane, Pedro Arbues, poinformowany o tym zamiarze, podjął środki ostrożności, aby być mniej zagrożonym.
Aby uchronić się przed ciosami morderców, inkwizytor nosił kolczugę pod ubraniem i coś w rodzaju żelaznego hełmu, okrytego okrągłą czapką. W czasie morderstwa w kościele metropolitalnym klęczał przy jednej z kolumn kościoła, gdzie teraz znajduje się mównica dla apostoła; obok niego była latarnia, a gruby patyk opierał się o kolumnę. 15 września 1485, po jedenastej wieczorem, gdy kanonik w ołtarzu kościoła czytał poranne modlitwy, Juan d’Esperaindeo, uzbrojony w miecz, podszedł do niego, uderzył go silnym ciosem z ostrzem na lewej ręce. Vidal d’Uranzo, ostrzeżony przez Juana d’Abadię, że trzeba go uderzyć w szyję, uderzył go od tyłu uderzeniem, które złamało zbroję i tak głęboko ją zranił, że inkwizytor zmarł z niej dwa dni później, czyli 17 września.
Obliczenia polityczne zainspirowały go, podobnie jak Isabella, do uczczenia pamięci Arbues z pewną powagą, która w znacznym stopniu przyczyniła się do ukazania go jako świętego i otaczającego go szczególnym kultem w kościołach. Stało się to znacznie później, gdy papież Aleksander VII 17 sierpnia 1664 r. Kanonizował Arbues do oblicza błogosławionego, jako męczennik za wiarę. W odpowiednim czasie postawiono mu wspaniały grób, a jego ciało złożono w nim 8 grudnia 1487 roku. „