Pod koniec lat 80. XVII wieku religijne obrazy kameralnego, kameralnego planu zostały zastąpione w pracach Botticellego dużymi kompozycjami, jakby skierowane do bardziej masowej publiczności. Podczas gdy w latach 1484-1489, Botticelli wydaje się zadowolony z siebie i spokojnie doświadcza okresu chwały i umiejętności, „Ołtarz San Marco” już wskazuje na pomieszanie uczuć, nowych alarmów i nadziei. Wpływ tego obrazu w dużej mierze wynika z interpretacji wizji niebieskiej, nasyconej motywami religijnymi i symbolicznymi o apokaliptycznym zabarwieniu. Inspiracją były kazania Savonaroli we Florencji, które wkrótce doprowadziły do politycznego puczu, który zakończył się wydaleniem Medyceuszy w roku 1494.
W rozwiązaniu tematów coraz częściej brzmią inne intonacje, wypełnione ostrym, dramatycznym dźwiękiem. Sam format utworów Sandro z tego okresu na motywy religijne ma charakter rozszerzony, co nadaje im nowe znaczenie. Typowym przykładem tego typu kompozycji jest ołtarz San Marco, jeden z najwybitniejszych dzieł Botticellego.
Gildia Florenckich Jubilerów była odpowiedzialna za utrzymanie i dekorację kościoła dominikanów San Marco, jedna z kaplic kościoła została poświęcona ich patronce Świętej Eligii. W tej kaplicy przewidziano obraz ołtarza „Koronacja Maryi z Aniołami, Jan Ewangelista i Święty Augustyn, Jerome i Eligii”, znany jako ołtarz San Marco, napisany przez Botticellego około 1488-1492. Fakt, że obraz ołtarza został zamówiony przez jubilerów, tłumaczy użycie dużej ilości złota w tym utworze. Złote tło u góry obrazu odróżnia niebiański od ziemskiego świat, jednak stykają się one nadal w przestrzeni obrazu, taka interpretacja była niezwykła dla dzieł tamtych czasów.
Środkowa część ołtarza jest naznaczona cechami archaicznymi: figury aniołów i świętych różnią się znacznie w skali; fantastyczna nisza, w której zamknięta jest scena koronacyjna, kontrastuje z bardziej realistyczną interpretacją przestrzennego otoczenia czterech głównych bohaterów. Otoczeni przez radosne anioły, Bóg Ojciec i Maryja Dziewica siedzą na niebiańskich tronach, a pod ich stopami jest dywan obłoków. Botticelli po mistrzowsku wpisuje zorzę polarną ze swoich postaci w półkolistą górną część obrazu, co jest zgodne z kopułą w kształcie kaplicy.
Cztery monumentalne figury świętych znajdujące się w półokręgu na łące, na tle krajobrazu z jeziorem i pagórkowatymi brzegami. Apostoł Jan, autor Ewangelii, Listów i Apokalipsy, przedstawiony z otwartą księgą, działa jako pośrednik między widzami wizji a fantastyczną rotacją aniołów wokół tęczowego łuku cherubinów i serafinów graniczących ze sceną Koronacji Maryi. Pojawienie się aniołów na tle złotych promieni, w oślepiającym świetle, wśród deszczu róż i ziemskiego krajobrazu z jego skałami i pustynną łąką, na której stoją święci, zdaje się podkreślać kontrast pomiędzy fantasmagoryczną atrakcyjną niebiańską rzeczywistością i materialnym światem.
W przedstawieniu aniołów jest dużo emocji, gest przysięgi świętego Hieronima tchnie wiarą i godnością. Jednocześnie następuje pewne odejście od „doskonałości proporcji”. Intensywność rośnie, odnosząc się jednak wyłącznie do wewnętrznego świata postaci, a zatem nie pozbawionych wielkości, zwiększa się ostrość koloru, coraz bardziej niezależna od światła i cienia.